رسیدگی ماهیتی
مراجع حل اختلاف مالیاتی می توانند به طور ماهوی وارد پرونده شده و رای مقتضی اعم از تایید ، تعدیل ، قراررسیدگی مجدد ، رفع تعرض یا تجدید دعوت صادر نمایند .
رسیدگی شکلی
شورای عالی مالیاتی و دیوان عدالت اداری فقط به آراء قطعی از لحاظ عدم رعایت قوانین و مقررات موضوعه یا نقص رسیدگی مورد شکایت مودی یا اداره امور مالیاتی به شرحی که گفته شد رسیدگی می نمایند .
رسیدگی شکلی و ماهیتی
هیأت موضوع ماده ۲۱۶ ق.م.م صرفاً این وضعیت را داراست که ابتدا با وارد دانستن عدم رعایت قوانین و مقررات موضوع می تواند وارد ماهیت رسیدگی شده و رای مقتضی صادر نماید؛ در غیر این صورت فقط به صورت شکلی وارد و در صورت عدم احراز نقص رسیدگی یا رعایت قانون رای مبنی بر رد شکایت صادر نماید .
رسیدگی در دیوان عدالت اداری:
دیوان عدالت اداری در اجرای اصل ۱۷۳ قانون اساسی از سال ۱۳۶۰ به عنوان مرجع قضایی رسیدگی کننده به شکایات، تظلمات و اعتراضات مردم نسبت به مامورین، واحدها یا آیین نامه های دولتی و احقاق حقوق آنها تشکیل یافته است. مطابق بند ۱ ماده ۱۳ قانون دیوان عدالت اداری رسیدگی به شکایات و تظلمات و اعتراضات اشخاص حقیقی یا حقوقی (حقوق خصوصی) از تصمیمات و اقدامات سازمان امور مالیاتی کشور و یا ماموران مالیاتی درصلاحیت دیوان است. همچنین بر اساس بند ۲ ماده ۱۳ رسیدگی به اعتراضات و شکایات از آراء و تصمیمات قطعی کمیسیونهای مالیاتی (هیاتهای حل اختلاف مالیاتی) در صلاحیت دیوان می باشد